تم إنشاء الفريق في  سنة 1937 من قبل طلاب جامعة سان بارتولومي في بوجوتا. لم يستقر علي الاسم الذي سوف يطلقونه علي النادي وكان بين اسمين يونيون او جوفينتود و لكن بعد تدخل بلديه مدينة بوجوتا اطلق اسم ديبورتيفو ميلوناريوس ثم اسس النادي رسميا في سنة  1946 . وكان ألفونسو كيفيدو اول رئيس للنادي

في سنة 1949 استفاد نادي ميلوناريوس من إضراب اللاعبين في الدوري الأرجنتيني الأمر الذي تسبب في انتقال الكثير من اللاعبين تجاه كولومبيا. وكانت الفترة الأكثر نجاحا للنادي خلال أوائل الخمسينات بسبب وجود اللاعبين الأرجنتينيين. خلال هذه الفترة ظهر لاعبين رائعين مثل الفريدو دي ستيفانو ، ادولفو بيدنير ، نيستور روسي ، خوليو كوزي ، أنطونيو بايز ، هوغو رييس ، وغيرهم من الاعبين في الأرجنتين ، أساسا من ناديريفر بلايت. وبفضل عروض كره القدم العظيمة التي أظهرها هؤلاء اللاعبين في الملاعب ، سمي ميلوناريوس من قبل العديد من وسائل الاعلام في أمريكا الجنوبية وأوروبا ، كافضل فريق في العالم في أوائل الخمسينات.

في سنة 1951 ، تم ايقاف كولومبيا من قبل الفيفا بسبب تجنيد لاعبين دوليين بدون تصريح  أجبرت الفرق علي أعاده جميع اللاعبين الاجانب الذين شاركوا في البطولة. وكان هذا إيذانا برحيل دي ستيفانو في 1953 حيث تلقي عروضا من برشلونة وريال مدريد ، الذي جاء للفوز بالمزايدة علي اللاعب. كما تم حظر المنتخب الوطني الكولومبي من كاس العالم لكره القدم سنة 1954 للسبب نفسه.

ميلوناريوس سنة 1951

في سنة 1952 ، إنشات مجموعه من رجال الاعمال الرياضية الفنزويلية كاس العالم المصغره للاندية ، وهي مسابقة وديه جمعت بين الفرق الرائدة في أوروبا وأمريكا الجنوبية. ودعي ميلوناريوس إلى المشاركة في نسختي 1952 و 1953.

ولكن خلال منتصف الستينات ، بدا النادي يفقد الأرض للفرق الكولومبية الأخرى ، بما في ذلك منافسيه في بوجوتا سانتافي. وبحلول نهاية القرن تمكنوا من الفوز بأربع بطولات محليه فقط ، علي الرغم من انهم وصلوا الي الدور نصف النهائي لكاس ليبراتادورس في ثلاث مناسبات منفصلة. وجاءت هذه الفترة غير الملهمة إلى الراس في 1992 ، عندما خسر النادي لسانتافي بنتيجة مخزيه 7-3

ميلوناريوس سنة 1963

وبعد فتره كارثية أخرى من 2000 إلى 2010 والتي ابتليت بها القضايا المالية الطويلة الأمد  قدم ميلوناريوس طلبا لإفلاسه. وسرعان ما اشتري من قبل مجموعه من المعجبين ازول بلانكو. الاضافه إلى الاداره الجديدة ، بدا هذا التغيير تطورا في أسلوب لعب النادي. وبعد ذلك مباشره ، فاز النادي بكاس كولومبيا ، التي كانت أول كاس رئيسي لها منذ أكثر من عقدين.

بعد تعيين هيرنان توريس كمدرب جديد ، ذهب ميلوناريوس خطوه ابعد وحصل علي لقب الدوري الكولومبي ال14 و لم يكن عليهم ان ينتظروا طويلا حتي فازوا ببطولتهم ال 15 في 2017 .

سنة 1978